پس از انحلال باشگاه شاهین با درایت امیر مسعود برومند و رایزنی_­­ های مرحوم دهداری، چند تن از بازیکنان قبلی شاهین در ترکیب تیم دسته دومی پرسپولیس قرار گرفته و ترتیب یک مسابقه با تیم جم آبادان که در آن زمان تیم صاحب نامی بود را دادند. پس از

آن تمامی اعضای شاهین به پرسپولیس پیوستند و محبوبیت شاهین بلند پرواز را به پرسپولیس هدیه نمودند.

پرسپولیس بهار خود را در آغازین روزهای 1347 با مربیگری دهداری (کاپیتان پیشین شاهین) و سرپرستی برومند آغاز کرد. مطابق مقررات این تیم می بایست کار خود را در فوتبال از دسته سوم و یا حداکثر از دسته دوم باشگاه ها شروع کند اما انحلال چند تیم در این زمان باعث شدتا به جای مسابقات لیگ، یک سری مسابقات رده بندی در سطح باشگاه های پایتخت برگزار شود و در آن مسابقات 44 تیم به رقابت پرداختند که 4 تیم پرسپولیس، تاج (استقلال)، عقاب و پاس سرگروه شدند.

از آن پس پرسپولیس به طور رسمی وارد مسابقات باشگاهی ایران شد. این تیم در سال 1347 قدرت نمایی کرد و تمام رقیبان را پشت سر گذاشت.

در سال 1349 بازیکنان رفته، از پیکان به پرسپولیس بازگشتند و قهرمانی اولین دوره لیگ تخت جمشید را از آن خود کردند. پرسپولیس در 5 دوره برگزاری لیگ تخت جمشید با کشب دو قهرمانی و سه نائب قهرمانی، به عنوان پر افتخارترین باشگاه شناخته شد.

در سال 1350 نخستین لیگ حرفه ای فوتبال ایران با نام تخت جمشید شکل گرفت و پرسپولیس هم تلاش نمود خود را با استانداردهای حرفه ای تطبیق دهد اما به دلیل فقدان زیر ساخت های فوتبال حرفه ای در کشور این ایده به صورت کامل به فرجام نرسید.

پس از انقلاب اسلامی، این تیم دچار بحران نفرات شد و بازیکنانش به کلی عوض شدند و تعداد بسیار اندکی از بازیکنان قدیمی باقی ماندند. باشگاه پرسپولیس در سال 1365 تحت پوشش بنیاد مستضعفان و جانبازان قرار گرفت که پس از مدتی بنیاد از اداره این باشگاه خودداری کرد و در این زمان با توجه به موقعیت این باشگاه، سازمان تربیت بدنی، خود اداره آن را عهده دار شد.

پرسپولیس از سال 1370 با آغاز مجدد لیگ فوتبال تحت عنوان جام آزادگان دور جدیدی از فعالیت های خود را آغاز کرد و پیوسته با وجود تغییرات گسترده و متعدد در مدیرت باشگاه توانست موقعیت خود را به عنوان یکی از سه باشگاه برتر کشور با کسب مقام های نخست، دوم و سوم حفظ کند.

این باشگاه در سال 1380 با آغاز لیگ حرفه ای فوتبال ایران (لیگ برتر) در میان 14 تیم برتر ایران قرار گرفت.

پرسپولیس پر افتخارترین تیم حاضر در لیگ برتر کشور است. این تیم دو بار در فصل های 79-80 (اولین دوره) و 86-87 (هفتمین دوره) در لیگ برتربه عنوان قهرمانی رسیده است.

در فصل 88-89 نیز این تیم قهرمان جام حذفی باشگاه های کشور شد.

 

طبق لیستی که از سوی کنفدرسیون فوتبال آسیا ارائه شده، پرسپولیس به عنوان پر طرفدارترین تیم آسیا انتخاب شده است. دالیان واندا چین و الهلال عربستان هم در مکان های بعدی قرار دارند.